聖公會奉基千禧小學是聖公會小學監理委員會屬校之一 ，前身為奉基小學下午部，創建於一九八九年九月，由林護基金會為紀念林護公之續配林何奉基女士而撥款開辦，因而命名為「奉基」小學。
下午部較上午部稍遲一年建校，首年設一年級四班及二、三年級各一班。當年以黎澤倫校監統率劉筱基總校長管理上、下午部，並以李振英校長擔任下午部校長，兩校在兩位創校校長領導下，衷誠合作，行政統一，校務不斷發展，下午部亦逐步擴班至二十四班。
二零零一年九月，在原校毗鄰，獲政府撥發一「千禧」型校舍，由時任校長李有斌校長帶領下午部遷至，並改為全日制，命名為「聖公會奉基千禧小學」。
新校舍位於紅磡黃埔花園德定街二號，佔地三千五百平方多米，樓高七層，設施先進完備，為學子提供理想而完善的學習環境，校風純樸，培育不少棟樑，深受家長歡迎。
